Bei einer verminderten Laktase-Produktion gelangt ungespaltene Laktose in tiefere, bakteriell besiedelte Darmabschnitte. Hier erfolgt ein bakterieller Abbau zu Milchsäure, Essigsäure, Kohlendioxid, Methan und Wasserstoff. Durch die wasserbindende Eigenschaft von Laktose steigt der osmotische Druck und Wasser strömt in den Darm. Die gleichzeitige Säurebildung fördert die Darmbewegung, die Folgen sind Blähungen und Durchfall. Die entstandenen Gase blähen den Bauchraum auf und verursachen neben den Blähungen auch Druckschmerzen. Diese Gase können die Darmwand durchdringen und in das Blut gelangen. Der bakterielle Abbau übersäuert durch seine Abbauprodukte.
Vererbungsfachleute nehmen deshalb an, dass sich evolutionär Menschen mit einer Laktose-Toleranz in Gegenden mit geringerer UV-Strahlung durchgesetzt haben, da sie grössere Überlebenschancen besassen. Forscher gehen auch davon aus, dass vor 10.000 Jahren, also bevor der Mensch durch die Haltung von Haustieren artfremde Milch konsumieren konnte, alle Menschen laktoseintolerant waren. Die Tendenz zu einer LI ist besonders in den letzten Jahren gestiegen, wobei die Ursachen hierfür nicht übereinstimmend geklärt sind. Zum einen werden in unserer Gesellschaft so viele Milchprodukte konsumiert wie nie zuvor, zum anderen wird fast allen Fertignahrungsmitteln versteckter Milchzucker zugesetzt. Hinzu kommt die Belastung dieser und aller Nahrungsmittel mit Chemikalien durch die massenhafte industrielle Produktion. Gleichzeitig haben Allergien und Unverträglichkeiten im allgemeinen zugenommen; es sei dahin gestellt, ob dies an der steigenden Verschmutzung unserer Lebenswelt liegt, an der verstärkten Aufklärung und ärztlichen Aufmerksamkeit oder an der Sensibilisierung der Menschen auf diesen Themenbereich.